Mujica se distingue par son mode de vie, très éloigné du faste habituel de la fonction présidentielle. Délaissant le palais présidentiel, il habite la petite ferme de son épouse, « au bout d'un chemin de terre » en dehors de Montevideo. Il continue à y cultiver des fleurs avec son épouse, Lucía Topolansky, à des fins commerciales, et donne environ 90 % de son salaire présidentiel à des organisations caritatives ou pour aider des « petits entrepreneurs », conservant pour lui-même l'équivalent du salaire moyen en Uruguay (environ 900 € par mois). Le couple présidentiel bénéficie de la protection de deux policiers à la ferme. Certains pensent qu'il est végétarien mais il semblerait que ce soit une erreur fréquemment commise, due à une expression qu'il a utilisée. Il existe des preuves qu'il mange bien de la viande. Il est néanmoins athée. Le patrimoine du couple présidentiel provient pour la majeure partie de son épouse (Mujica n'ayant comme seul bien qu'une voiture Coccinelle de 23 ans) et est évalué en 2012 à 4,2 millions de pesos uruguayens (environ 170 000 €).
Son engagement va encore beaucoup plus loin : lors de la vague de froid qu'a subie le pays en juin 2012, il a immédiatement inscrit la résidence présidentielle sur la liste des refuges pour les sans-abris.